Přírodovědná sbírka
Přírodovědná sbírka je zaměřena především na botaniku. Herbář vyšších rostlin obsahuje přibližně 14 000 položek. Mechy a houby jsou ve sbírce zastoupeny jen skrovně. Herbář začal vytvářet Dr. Václav Skřivánek, po něm se na jeho tvorbě významně podílel řídící učitel Veleslav Lang, později RNDr. Vlastimil Tlusták a RNDr. Jindřich Hanousek, kromě řady dalších sběratelů. V současné době je kurátorem sbírky Mgr. Lukáš Bobek.
Další významnou oblastí jsou paleontologické sbírky, zejména z oblasti kulmu. O ty se zasloužil především řídící učitel Veleslav Lang. Kromě nich jsou ve sbírkách zastoupeny také nálezy z období třetihor, reprezentované především fosíliemi z pobřeží tehdejšího moře.
Zoologické preparáty jsou v muzeu především pro účely výstav a demonstrací a nejsou v současnosti soustavně doplňovány. Pro vědecké účely slouží spíše vyjímečně.
V muzeu je také poměrně bohatá sbírka minerálů z celé republiky. Vzhledem k tomu, že není striktně regionální, slouží spíše výstavním a studijním, méně již vědeckým účelům.